En cuanto a su uso medicinal, el guayacán se utiliza para tratar diversas afecciones, como la hidropesía, el asma, la gota, problemas de vejiga, riñones, dolores articulares, entre otros. Se prepara en forma de infusiones y cocimientos para su ingestión, siguiendo recetas específicas para cada afección. Además, se ha utilizado para tratar enfermedades como la sífilis, la acidez estomacal y el acné, entre otros padecimientos.